Pärast seda, kui 1900.a Veltsa valla ministeeriumikooli Koonga õpilasi ei võetud, tekkis oma kooli vajadus. Nii tegidki Mihkli õpetajad 1919.a kevadel vallanõukogule vastava ettepaneku ja 1. oktoobril 1919 alustaski oma tegevust Koonga Kõrgem rahvakool 18 õpilasega vallamaja ruumides. 28. septembril 1921 kolis kool Koonga mõisa härrastemajja. Järgmisel aastal ühines Koonga kooliga Tammiku kool ja augustist 1922 töötas kool 6- klassilise algkoolina. Samal aastal lõpetasid ka kooli esimese lennu 5 õpilast.
1936.a toimus härrastemajas suur ümberehitus ruumide kohaldamiseks kooli vajadusteks, haljastati koolimaja ümbrus. Lõpliku väljanägemise sai kool ja kooli ümbrus 1937.a.
1945. aastast oli Koonga kool 7 – klassiline, 1960.aastast 8 – klassiline.
1966. – 1969.a töötas kooli juures kaugõppekeskkooli filiaal.
1970.a algul kerkis päevakorda uue, kaasaegsema koolimaja ehitus. Uuele majale pandi nurgakivi 16. nov 1973 ja 10 kuu pärast – 1.sept 1974 toimus uue koolimaja pidulik avamine. Selleks ajaks oli vanas koolimajas jõudnud hariduse omandada 53 lendu 606 õpilasega. Vanas majas tegutses veel 1990.a kevadeni kooli internaat.
Praeguse välimuse on saanud uus koolimaja 41 a jooksul teostatud mitmesuguste remontide tulemusena. Nii asendati aastatel 1995 –1998 lamekatus viilkatusega, 1999.a soojustati 2 välisseina, õpperuumide aknad asendati pakettakendega, tualettruumid ja riietusruumid said kaasaegse väljanägemise.
2004. a soojustati ülejäänud välisseinad, asendati võimla ja koridoride aknad ning välisuksed. 2005.a sai uue katte staadioni jooksurada. 2007. aastal valmis staadion täielikult.
Õppeaastal 2014/2015 vahetati koolimajas välja kogu elektri-, vee- ja kanalisatsioonisüsteem, renoveeriti trepp ja siseõu, kogu koolimaja sai seest uue väljanägemise. Lisaks sellele said täiesti uue sisustuse söökla, kodunduse ja tehnoloogiaõpetuse klassid.
Koonga kooli eksisteerimise 96 a jooksul on kooli lõpetanud 94 lendu 1108 lõpetajaga. Samal ajal on koolis töötanud üle saja viiekümne õpetaja, kooli on juhatanud lühemat või pikemat aega 18 juhatajat (direktorit). Koonga kool on andnud ja jätkab ka edaspidi konkurentsivõimelise hariduse andmist piirkonna noortele.
1. septembrist 2015 on Koonga Põhikool ja Koonga Lasteaed Naksitrallid liidetud üheks asutuseks ning kannab nime Koonga Kool.
